今天是2024年10月15日 星期二,欢迎光临本站 

相关文献

Cells respond to deletion of CAV1 by increasing synthesis of extracellular matrix

文字:[大][中][小] 2018/11/8     浏览次数:    

Cells respond to deletion of CAV1 by increasing synthesis of extracellular matrix

细胞通过增加细胞外基质的合成来响应CAV1的缺失

 

    期刊:PLoS ONE发表单位:英国剑桥医学研究委员会分子生物学实验室

  


导 读

 

    许多老师做过RNAseq、芯片实验,通过分析得到了许多数据,这些数据该怎么看,怎么使用,在文章中该怎么写,或许是许多老师所疑惑的。我们将通过文献对RNAseq中涉及的各种分析,各种图表进行解读,以供老师在数据分析及文章撰写时参考。一起来看看本篇RNAseq实验怎么使用的这个数据吧!

  


文章摘要

 

    一系列细胞功能归因于细胞膜穴样内陷,即质膜的烧瓶状内陷。caveolin 1敲除引起穴样内陷消失,在这里,我们使用RNA-seq技术对caveolin 1敲除小鼠的原代胚胎成纤维细胞和正常对照进行基因表达谱分析,从而洞察细胞对细胞膜穴样内陷的缺失作出的反应。与对照相比时,GO富集分析term“细胞外基质相关基因显著高表达。

 


RNAseq相关实验

 

    RNA-seq材料:WTCAV1-/-小鼠分离胚胎细胞,每组4个重复。

    RNA-seq 实验:按照说明书(TruSeq Stranded mRNA LTIllumina)制备测序文库。简而言之,将3'末端腺苷酸化,连接衔接子,并在两端用衔接子对DNA片段进行PCR富集。使用KAPA Library Quantification试剂盒(Roche)在Applied Biosystem Vii7仪器中通过定量验证文库,并且质量控制是使用Agilent BioanalyzerAgilent DNA array完成。将索引文库归一化并合并,并使用HiSeq平台(Illumina)进行测序,进行单端50bp reads

   RNA-seq数据处理和分析:通过TopHat2 v2.0.13readsGRCm38小鼠转录组(-nocoverage-search-library-type=fr-firststrand-transcriptome-index)对齐。Cufflinks套件v2.2.1-library-type=fr-firststrand-frag-bias-correct-m-read-correct)用于量化转录本,q<0.05筛选差异表达的基因。

  


RNAseq相关结果

 

    测序reads比对到39707个基因上,16420个(41%)被定义为表达,其表达水平FPKM>1.0。在表达的基因中,我们发现103个蛋白质编码基因显著差异表达(q<0.05)。WTCAV1-/-MEF组显著差异表达的基因显示在表12中。


    Panther基因分类系统(www.pantherdb.org)对基因的亚细胞定位进行分类(图1A(注:此处是常用的GO富集中细胞组分(cellular component)”,用的软件不同而已)

    所有差异进行GO富集分析细胞组分显著富集到是蛋白质性细胞外基质“proteinaceous extracellular matrix,细胞外区域“extracellular region和细胞外空间“extracellular space。当仅分析CAV1-/-MEF上调的基因时,蛋白质性细胞外基质“proteinaceous extracellular matrix,细胞连接“cell junction,细胞外基质“extracellular matrix,细胞外区域“extracellular region和细胞外空间“extracellular space显著富集到,实际上这些术语包含了46个上调基因中的22个(图1B)。当仅分析下调的基因时,具有较少的明显整体模式,尽管具有术语中间丝细胞“intermediate filament,骨架“cytoskeleton的基因被过度表达(图1C)。因此,我们的RNA-seq分析得出的一个明确结论是细胞外基质(ECM)成分的基因在CAV1-/-MEF中上调。

  


RNAseq实验总结

 

    本研究主要查看细胞膜穴样内陷消失后哪些基因发生了差异表达,并且明确这些差异表达的基因位于细胞的哪个位置。通过RNAseq实验可以筛选差异表达的基因,通过GO富集分析可以了解基因显著富集的位置,当然GO富集分析可以知道差异基因显著富集的分子功能(Molecular Function)、生物过程(Biological Process),此文章没有用到,没有写出。文章展示RNAseq的数据,放置了基因差异表达列表(也可以放热图嘛)和GO富集分析经典的柱状图,以说明穴样内陷消失引起分子层面基因的变化,以及基因富集到细胞外基质,文章还通过qPCR, WB, 免疫组化等对重要基因进行了验证。

    

    上海生因生物专业提供基因组测序、微生物测序、转录组测序(RNAseq),高通量测序数据标准分析、个性化分析,各类图表绘制,及GEOTCGA数据挖掘服务。有需要的联系我们。


微信扫描二维码关注公众号回复数字 “1810251” 下载原文



其他相关文献解读

文献解读:circRNA过表达可以导致心肌死亡(ceRNA机制)

文献解读:circRNA不研究机制也可以发到9分?

文献解读:紫外线照射诱导lncRNA产生,发挥与蛋白质相反功能(31.398)

文献解读:活性依赖性LoNA通过协调rRNA转录和甲基化来调节翻译(12.353)

文献解读:MIR100宿主基因编码的lncRNA通过调节HuR与其靶mRNA之间的相互作用来调节细胞周期(11.561)

文献解读:基于CRISPRi的基因组规模鉴定人细胞中功能性lncRNA(IF:41.058)

文献解读:S期富集的lncRNA的泛癌分析鉴定致癌驱动因子和生物标志物(IF:12.353)

文献解读:H19诱导腹主动脉瘤的发展和进展(IF18.88)

返回上一步
打印此页
在线咨询
咨询QQ咨询QQ
咨询电话:
400-966-5216

请扫描二维码添加客服微信

公众号

[向上]