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SMRT DNA测序结合已报道的基因组草图完成精确真菌基因组组装


研究背景


    二代测序技术极大的加快了基因组组装的尺度、速度和分辨率,并促进了基因组研究。然而真核基因组测序仅被组装成基因组片段。本研究,我们以大丽轮枝菌为例评估各种测序和组装策略在获得完整真核基因组的效果。


研究方法





研究结果



1 Verticillium dahliae strain JR2组装的各种基因组。





2 Verticillium dahliae strain JR2在不同的三代测序数据量下的组装结果。




3 Verticillium dahliae strain JR2完整基因组组装。A:完整基因组与已有基因组比较;B:染色体1末端rRNA基因聚类。





4 Verticillium dahliae strain VdLs17基因组组装。





研究结论



       相比于二代测序获得的基因组,含三代测序混合组装极大的增加了组装长度。有趣的是,只要测序的深度足够,仅靠三代测序相比于混合组装就能获得完整的染色体。而且,结合已有的基因组数据可以产生更少的gap,并且完成了大丽轮枝菌的八条染色体。现在通过三代基因组的组装,我们可以更好的理解生物复杂性。结果说明结合三代与已有的二代测序数据,可以用来产生完整的或很少gap的真菌基因组。



参考文献



Single-Molecule Real-Time Sequencing Combined with Optical Mapping Yields Completely Finished Fungal Genome. [Mbio, 2014]



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