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案例1  转录组测序揭示大鼠11个器官，4个不同发育阶段的转录信息

研究背景

       大鼠常作为化学毒性及药物作用机理研究的模式生物，但我们对大鼠的各个器官、各个发育阶段的转录信息还不太了解。本研究使用转录组测序技术对大鼠各器官各阶段的320个样本进行测序分析。

研究方法

研究结果

1  聚类热图展示来自320个大鼠样本40064个基因的表达量 。

2  Circos图，展示器官之间两两基因表达量差异数量。

3  性别特异性聚类与GO富集术语的关系。

4  趋势分析揭示四个阶段间基因的变化走势。

5  各器官之间表达量相关性分析 。

研究结论

       共检测到40,064个基因，65,167个转录本，31,909个可变剪切，2,367非编码RNA，并建立了大鼠不同器官、不同发育时期的表达谱数据库。

案例2  转录组测序揭示玉米胚乳发育阶段的基因表达谱

研究背景

        大鼠常作为化学毒性及药物作用机理研究的模式生物，但我们对大鼠的各个器官、各个发育阶段的转录信息还不太了解。本研究使用转录组测序技术对大鼠各器官各阶段的320个样本进行测序分析。胚乳是被子植物在双受精过程形成的滋养组织，在胚胎发育和幼苗发芽阶段扮演着重要角色。胚乳中富含的碳水化合物和蛋白质也是提供人类食物中的重要部分。然而，我们对胚乳形成和分化的基因调控网络了解很少。本文对授粉后12天内，8个阶段的核及胚乳的mRNA进行表达谱分析。

研究方法

研究结果

1  聚类热图展示来自320个大鼠样本40064个基因的表达量 未授粉（0 DAP）、早期核发育阶段（2-6 DAP）、胚乳发育阶段（8-12 DAP）基因表达Venn图。

2  各个阶段差异基因表达趋势图。

研究结论

       本研究得到了胚乳早期发育阶段基因的时空动态表达，这些基因涉及到一系列的发育过程，包括多细胞核体转运，细胞分化，胚乳有丝分裂增值等。

1、A rat RNA-Seq transcriptomic BodyMap across 11 organs and 4 developmental stages. [Nature Communications, 2014]
2、Temporal patterns of gene expression in developing maize endosperm identified through transcriptome sequencing. [PNAS, 2014]