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案例1  转录组测序揭示大鼠11个器官,4个不同发育阶段的转录信息


研究背景



       大鼠常作为化学毒性及药物作用机理研究的模式生物,但我们对大鼠的各个器官、各个发育阶段的转录信息还不太了解。本研究使用转录组测序技术对大鼠各器官各阶段的320个样本进行测序分析。



研究方法






研究结果



1  聚类热图展示来自320个大鼠样本40064个基因的表达量 。





2  Circos图,展示器官之间两两基因表达量差异数量。




3  性别特异性聚类与GO富集术语的关系。




4  趋势分析揭示四个阶段间基因的变化走势。





5  各器官之间表达量相关性分析 。





研究结论



       共检测到40,064个基因,65,167个转录本,31,909个可变剪切,2,367非编码RNA,并建立了大鼠不同器官、不同发育时期的表达谱数据库。





案例2  转录组测序揭示玉米胚乳发育阶段的基因表达谱


研究背景



        大鼠常作为化学毒性及药物作用机理研究的模式生物,但我们对大鼠的各个器官、各个发育阶段的转录信息还不太了解。本研究使用转录组测序技术对大鼠各器官各阶段的320个样本进行测序分析。胚乳是被子植物在双受精过程形成的滋养组织,在胚胎发育和幼苗发芽阶段扮演着重要角色。胚乳中富含的碳水化合物和蛋白质也是提供人类食物中的重要部分。然而,我们对胚乳形成和分化的基因调控网络了解很少。本文对授粉后12天内,8个阶段的核及胚乳的mRNA进行表达谱分析。



研究方法






研究结果



1  聚类热图展示来自320个大鼠样本40064个基因的表达量 未授粉(0 DAP)、早期核发育阶段(2-6 DAP)、胚乳发育阶段(8-12 DAP)基因表达Venn图。





2  各个阶段差异基因表达趋势图。




研究结论



       本研究得到了胚乳早期发育阶段基因的时空动态表达,这些基因涉及到一系列的发育过程,包括多细胞核体转运,细胞分化,胚乳有丝分裂增值等。



参考文献



1、A rat RNA-Seq transcriptomic BodyMap across 11 organs and 4 developmental stages. [Nature Communications, 2014]
2、Temporal patterns of gene expression in developing maize endosperm identified through transcriptome sequencing. [PNAS, 2014]



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