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相关文献
经典案例
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高分辨率转录组图谱揭示多个弯曲菌菌株特异性调控方式
研究背景
大鼠常作为化学毒性及药物作用机理研究的模式生物，但我们对大鼠的各个器官、各个发育阶段的转录信息还不太了解。本研究使用转录组测序技术对大鼠各器官各阶段的320个样本进行测序分析。地黄是古代广泛使用的一种中草药，富含生物活性环烯醚萜。尽管具备巨大的药用性，我们对这种植物合成环烯醚萜相关的分子知识一无所知。为了研究它的基因组，并且研究与环烯醚萜相关的基因，我们进行了大规模的平行测序。当前，弯曲菌是导致人类细菌性胃肠炎的主要原因。多个菌株的比较发现其具有高度的遗传和表型变异。但，我们对转录组层面、基因表达、small RNA的情况了解很少。本研究进行了4个菌株的转录组比较分析。
研究方法
研究结果
1 2/+TEX 文库reads基因组比对分布图。
研究结论
基因高分辨率的转录图谱分析在全基因组的尺度上揭示几种弯曲菌调控要素及保守位点。本次分析改善了TSS注释方法，并提出了菌株特异性TSS的概念及sRNA的情况。这些菌株特异性的转录特征让我们看到了为什么基因组上高度保守，但菌株表型却又很大差异。我们新的TSS注释方法可以很容易的推广到多种菌株或多个条件，也可能会同样用于真核转录组的注释。
参考文献
High-Resolution Transcriptome Maps Reveal StrainSpecific Regulatory Features of Multiple Campylobacter jejuni Isolates. [PLoS Genetics, 2013]
