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经典案例
寻找结肠癌细胞中可能的miRNA-mRNA联系
研究背景
miRNAs是一类短的非编码RNA能够在多种生物过程中介导基因的表达，包括癌变。本研究通过Ago1和Ago2免疫共沉淀实验研究34、45、103 miRNAs与164、391、81 mRNAs的关系。我们使用RIP-Seq分析,共沉淀得到的RNA进行sRNA与mRNA大规模测序。分析发现，尽管Ago1和Ago2两者共享一些miRNAs，但对mRNAs的调控可能是不同的。
研究方法
研究结果
1 RIP-Seq分析可能的miRNA-mRNA关联。A：RIP-Seq分析流程；B：miRNAs qPCR验证；C：mRNAs qPCR验证；D：miRNAs 富集倍数分布；E：mRNAs 富集倍数分布；F：miRNAs 总体表达量相关性；G：mRNAs 总体表达量相关性。
2 Ago富集得到的miRNAs与mRNA以及两者可能的联系。A，B miRNA、mRNA鉴定所占比例；C，D：重叠部分；E，F：PhastCons分析进化保守位点。
研究结论
Ago1 IP分析发现，基因频繁的发挥功能，并且受到少量的miRNAs的调控，并且可能是一些更为保守的调控。而Ago1 IP的结果更多的是与信号转到基因相关，并存在大量的miRNAs结合位点。
参考文献
Screening for possible miRNA–mRNA associations in a colon cancer cell line. [Gene, 2014]
