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寻找结肠癌细胞中可能的miRNA-mRNA联系


研究背景



       miRNAs是一类短的非编码RNA能够在多种生物过程中介导基因的表达,包括癌变。本研究通过Ago1和Ago2免疫共沉淀实验研究34、45、103 miRNAs与164、391、81 mRNAs的关系。我们使用RIP-Seq分析,共沉淀得到的RNA进行sRNA与mRNA大规模测序。分析发现,尽管Ago1和Ago2两者共享一些miRNAs,但对mRNAs的调控可能是不同的。



研究方法






研究结果



1 RIP-Seq分析可能的miRNA-mRNA关联。A:RIP-Seq分析流程;B:miRNAs qPCR验证;C:mRNAs qPCR验证;D:miRNAs 富集倍数分布;E:mRNAs 富集倍数分布;F:miRNAs 总体表达量相关性;G:mRNAs 总体表达量相关性。





2 Ago富集得到的miRNAs与mRNA以及两者可能的联系。A,B miRNA、mRNA鉴定所占比例;C,D:重叠部分;E,F:PhastCons分析进化保守位点。





研究结论


       Ago1 IP分析发现,基因频繁的发挥功能,并且受到少量的miRNAs的调控,并且可能是一些更为保守的调控。而Ago1 IP的结果更多的是与信号转到基因相关,并存在大量的miRNAs结合位点。



参考文献



Screening for possible miRNA–mRNA associations in a colon cancer cell line. [Gene, 2014]



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