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经典案例
髓母细胞瘤增强子揭示细胞来源的亚群
研究背景
髓母细胞瘤是一种高度恶性的儿童脑瘤，常给发育中的儿童带来灾难性的后果。我们对四种恶性亚型进行了基因组的研究。然而，调控脑瘤亚群的转录层面的调控网络，以及各自发育起源的知识是缺乏的。本研究通过28个原发脑瘤样本，使用CHIP-seq数据对H3K27ac和BRD4免疫共沉淀，以及组织特异的DNA甲基化和转录组数据，来揭示cis调控激活的情况。
研究方法
研究结果
1 髓母细胞瘤不同亚群的不同调控的增强子。a：ANOVA 归类脑瘤增强子；b：增强子类别中不同的调控增强子的分类；c：K-means聚类；d：比对到N增强子的增强子/基因占比例；e：比对到N基因的增强子/基因占比例；f：WNT特异性的增强子活性和表达；g：免疫组化验证WNT中ALK的表达。
2 超级增强子调控的与转录因子相关的通路。a：功能通路。b：热图，左边为选取的亚群特异性的转录因子表达量，右边是增强子motif富集。
3 亚群特异性转录因子与靶基因的网络。a：WNT；b：SHH；c：Group3；d：Group3。
4 Group 4型LMX1A、EOMES、LHX2转录调控。 a：网络图；b：TF motifs 存在时网络图。
研究结论
本研究分析了不同调控的增强子与超级增强子和亚群异质性的关系，并发了一些新的与临床相关的髓母细胞瘤生物学认识。通过计算重构了主要的转录因子调控网络，这些与亚群的分化有关，并且推测了亚群4可能的细胞起源。我们对大量样本的整合分析揭示了cis调控的框架，独立性及细胞起源。
参考文献
Active medulloblastoma enhancers reveal subgroup-specific cellular origins. [Nature, 2016]
