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经典案例
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案例1 长链非编码RNA和增强子RNAs调控人单核细胞脂多糖诱导的炎症反应
研究背景
非编码RNA是一类新的调控生物学过程的分子，其在人的免疫反应中的作用还不太清楚。因此，本研究对人单核细胞使用RNA测序技术进行非编码RNA测序。
研究方法
研究结果
1 lncRNA鉴定。a:lncRNAs鉴定流程图；c:单核细胞、Gencode v13及HumanBodyMap中lncRNAs分布；d：lncRNAs差异表达火山图；e：鉴定lncRNAs在基因上的位置分布。
2 编码蛋白鉴定。a：火山图展示LPS刺激的单核细胞与未刺激的单核细胞的差异；b：RNA-seq与芯片分析结果的相关性；c：差异结果的KEGG富集分析。
研究结论
本研究共得到了76个 enhancer RNAs，40个canonical lncRNAs，65 antisense lncRNAs，35 个 bidirectional 转录本在响应细菌脂多糖时发生了显著差异变化。当下调eRNAs (IL1b-eRNA)、RBT (IL1b-RBT46)时，减少了mRNA的产生，削弱了促炎症反应介导因子IL1b和CXCL8的释放。并预测lncRNAs在人的先天性免疫反应中是一个重要的调控因子。
案例2 健康人群中lncRNA比蛋白编码基因表现出更高的表达量变异
研究背景
lncRNA逐渐被认为与基因调控密切相关，并且可能会比蛋白编码基因的数量多。虽然，已经报道了大量的lncRNAs，但由于其具有较强的组织特异性和表达量较低的特性，其注释一直不太完善。同时，个体表达量的变异也是一个重要的因素。本研究探讨了lncRNA在人原发粒细胞中表达的变异性。
研究方法
研究结果
lncRNA个体间表达差异聚类热图。
研究结论
需要更全面的对这些低表达和高组织特异性的lncRNA进行注释。同时，当我们对人类的lncRNA进行深入的注释或者将其用于预后或疾病的标志物时，也要考虑到个体之间lncRNA表达的差异。
参考文献
1、Long non-coding RNAs and enhancer RNAs regulate the lipopolysaccharide-induced inflammatory response in human monocytes. [nature communications, 2014]
2、Long non-coding RNAs display higher natural expression variation than protein-coding genes in healthy humans. [Genome Biology, 2014]
