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经典案例
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外显子测序研究巴雷特食管和腺癌
研究背景
巴雷特食管通过一系列的事件发展成食管腺癌，其中包括CDKN2A的功能丧失、p53的抑制和染色体的非整倍性。本研究我们对25对食管腺癌进行外显子测序。
研究方法
研究结果
1 巴雷特食管相比于其他癌症突变频率高，而基因组扩增少。a：巴雷特食管，巴雷特发育不良，腺癌与其他癌的比较；b：25个样本的突变频率；c：样本中片段丢失的频率；d：样本中扩增的频率。
2 配对分析显示巴雷特食管的致癌基因扩增较少。
3 在非基因组加倍的腺癌中肿瘤抑制因子的突变更为频繁。a：突变频率分布；b：PATHWAY富集分析。
4 基因组加倍的腺癌基因组高频扩增主要在细胞周期调控因子和转录因子。
研究结论
分析显示TP53突变会在巴雷特食管早期如非增生性上皮中出现，然后会出现致癌基因的扩增。对食管腺癌外显子进一步分析发现约62.5%的食管腺癌病人出现基因组加倍而那些有基因组加倍的肿瘤却又不同的基因组改变特征，常伴随着更高频率的致癌基因扩增以及肿瘤抑制因子的抑制，包括CDKN2A。这些数据暗示食管腺癌的发生并不是通过肿瘤抑制因子的逐渐积累，而是通过更为直接的方式即TP53突变引起的基因组加倍，和伴随而来的致癌基因的扩增。
参考文献
Paired Exome Analysis of Barrett’s Esophagus and Adenocarcinoma. [Nature Genetics, 2015]
