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经典案例
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基因组关联分析快速鉴定与水稻特征基因
研究背景
全基因组关联分析（GWAS）在鉴定农作物农事相关特征基因上是一个强有力的工具，但该技术常会受到种群的结构及连锁不平衡性影响。本研究我们使用全基因组关联分析鉴定水稻农事相关的基因，然后通过评估SNP的影响来获得候选基因。
研究方法
研究结果
1 日本水稻的表型变异和遗传结构。a：植株高度；b：穗长度；c：桨叶宽度；d：176个水稻重点PCA分析。
2 GWAS鉴定1号染色体特征基因。a：曼哈顿图；b：局部曼哈顿图和热图；c：基因结构；d：箱型图；e：基因改造图；f：基因改造植株抽穗天数。
3 WAS分析11号染色体植株高度和桨叶宽度并鉴定特征基因。a：高度曼哈顿图；b：桨叶宽度曼哈顿图；c：局部曼哈顿图和热图；d：基因结构图；e：LOC_Os11g08410抽穗天数、植株高度、桨叶宽度箱型图；f-h：单倍型差异分析。
4 GWAS分析6号染色体抽穗天数。
研究结论
使用这种方法，我们鉴定了4个与农事相关的基因。有一些基因通过标准的SNP分析未能鉴定出来，但我们通过基因关联分析可以鉴定出来。本研究对于使用GWAS快速鉴定农事特征相关基因提供了一些基本的认识，并会有利于未来农作物的改良。
参考文献
Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice. [Nature Genetics, 2016]
